Орнитофауната на езерото е една от главните причини то да бъде обявено за резерват. Редките и застрашените от изчезване видове в национален и регионален мащаб увеличават значително стойността на Сребърна като важно място за съхраняване на биологичното разнообразие.

Птиците на резервата са относително добре проучени. Първата научна информация за орнитофауната на Сребърна принадлежи на австрийския орнитолог Едуард Ходек, които посещава езерото през 1880 г. (Hodek, 1882). До края на 19 век Сребърна често е била посещавана от чуждестранни орнитолози и природоизпитатели. След прекъсване от около 50 години, научния интерес се възобновява като този път той е от страна главно на български учени и природозащитници. Библиографията на птиците на Сребърна включва 97 публикации, доклади и други източници.

Общо в резервата и неговите околности досега са установени 230 вида птици, или 57,5% от българската орнитофауна (която се състои от около 400 вида). 132 от тях са гнездящи и 98 са зимуващи. Петдесет и осем вида фигурират в "Червена книга на НР България" (1985). Девет вида са световно застрашени като три от тях са представени в Сребърна със стабилни и уникални популации - малък корморан (Phalacrocorax pygmeus), къдроглав пеликан (Pelecanus crispus) и белоока потапница (Aythya nyroca). Къдроглавият пеликан и голямата бяла чапла - гнездят само в Сребърна.

Най-голямото богатство на резервата е гнездовата колонията на къдроглавия пеликан. Съществува голямо количество и дългосрочна информация за гнезденето на вида в Сребърна. Още Hodek (1882) и Reiser (1894) дават сведения за колонията. Според Патев (1950) през 40-те и 50-те години на 20 в. в резервата гнездят между 100 и 150 двойки. През периода 1956-1959 г. броят на двойките варира между 30 и 85 докато през 1959 г. броят им намалява и остават само две малки колонии (Паспалева-Антонова, 1961). Според Geisler (1962) по-голямата част от колонията се състои от 91 гнезда, а по-малката от 36. За периода 1954-1980 г. в резервата средно гнездят 67 двойки като броят им значително варира - между 29 и 127 (Мичев, 1981). Всички тези данни показват, че езерото Сребърна представлява традиционно гнездово находище за къдроглавия пеликан. Колонията претърпява и някои пространствени промени през годините. В далечното минало (дори преди 1880 г.) гнездата са били разположени в най-северните части на резервата (в т.нар. Бабушко блато). През 40-те години на 20 в. колонията се разпокъсва и отделни групи от двойки гнездят върху различни по размер плаващи тръстикови островчета (Петров, 1947). От тогава до 2004 г. колонията на пеликаните е разположена в южната част на северния тръстиков масив, ограждащ централното водно огледало.

През 2005 г. (23 юни) в резултат на силен север-северозападен вятър тръстиковия остров на пеликаните се отделя от главния тръстиков масив. Гнездилището се придивижва в южните части на централното водно огледало - на 1 км от предишното си положение. Това наложи да се вземат мерки за прикрепване на тръстиковия остров на предишното му място. Министерството на околната среда и водите в лицето на РИОСВ-Русе и Фондация "ЛьоБалкан" заедно с помоща и на други частни дарители взеха мерки да се възстанови гнездилището на пеликаните. През октомври бяха поставени три нови изкуствени платформина на предишното място на колонията.

През гнездовия сезон на 2006 г. пеликаните се установяват в три различни части на резервата. Една част от гнездящите двойки заемат предишното място на колонията - в северната част на централното водно огледало, друга част се намират в източната част на централно водно огледало, а пет двойки заемат малък тръстиков остров в западната част, в т.нар. локва "Пристана".

Breeding Numbers of Dalmatian Pelican